Op 12 juni 1898 werden de Filipijnen onafhankelijk van Spanje. Aguinaldo leidde de Filipijnse revolutie tegen de Spaanse koloniale overheersing in 1896 en werd de eerste president van de Filipijnse Republiek in 1899, nadat de Filipijnen onafhankelijkheid uitriepen van Spanje. Hij was toen 29 jaar oud en de jongste president van de Filipijnen tot op heden. Aguinaldo werd echter gedwongen om zich over te geven aan de Verenigde Staten in 1901, nadat de Amerikanen de Filipijnen hadden veroverd tijdens de Filipijns-Amerikaanse Oorlog.

De positie van president van de Filipijnen werd opgericht op 15 november 1935, toen de Filipijnen een grondwet kregen die het land een Commonwealth-status gaf, met Manuel L. Quezon als eerste president. De Commonwealth van de Filipijnen was een overgangsperiode naar onafhankelijkheid, waarbij de Filipijnen uiteindelijk onafhankelijk werden op 4 juli 1946.

Voordat de Filipijnen een presidentiële regeringsvorm hadden, hadden ze een reeks van verschillende vormen van regering, zoals de Spaanse koloniale regering, de Filippijnse Revolutionaire regering en de regering onder de Amerikaanse koloniale overheersing. De leider van deze regeringen had verschillende titels, zoals gouverneur-generaal, presidente of eerste minister, afhankelijk van de regeringsvorm.

Het was pas na de oprichting van de Commonwealth en de invoering van de positie van president dat de Filipijnen een duidelijke en stabiele uitvoerende macht hadden met een president als het staatshoofd.